Lods, qui se prononce « lo », provient d'un nom masculin pluriel datant du XIIIe siècle, « los ». Il est issu du latin laus, qui signifie « éloge », « honneur », désignant en latin médiéval une somme versée au seigneur. En droit féodal, on le retrouve uniquement dans l'expression « Lods et ventes » pour désigner la redevance due au seigneur lors de la vente d'une partie du territoire sur lequel s'étendaient ses droits.

L'ancienne orthographe de ce nom, tel qu'il apparait sur les cartes de Cassini par exemple, était « Lodtz »

Le village est situé au cœur du département du Doubs, à environ 37 kilomètres au sud-est de Besançon. Il s'inscrit dans la vallée de la Loue, entre les villages de Vuillafans (4 km en aval) et de Moutier-Hautepierre (2 km en amont).

Le village est situé à l'intersection :
- de la route touristique D 67, reliant Besançon à Pontarlier par la vallée de la Loue, en suivant le cours de cette rivière entre Ornans et sa source,
- et de la route départementale D 32, grossièrement perpendiculaire, traversant la vallée pour relier le plateau d'Amancey (au sud) au plateau du Valdahon (au nord)

Les gares les plus proches sont à Besançon (37 km au nord-ouest), Pontarlier (23 km au sud-est) et le Valdahon (15 km au nord).

Historiquement, Lods était le terminus d’une ligne qui descendait du plateau de l'Hôpital du Grosbois pour desservir les bourgades de la vallée de la loue (Ornans, Montgesoye, Vuillafans et Lods). De cette ligne, qui n'est plus exploitée depuis 1953, subsistent quelques ouvrages d’art, en particulier le viaduc d’Ornans et de nombreux tunnels. Les voies ferrées ont été supprimées mais le ballast et les ouvrages d’art maintenus constituent aujourd’hui un chemin de randonnée apprécié, situé sur la rive gauche de la Loue.

Plus en aval, cette ancienne voie a été aménagée en véloroute entre Ornans et l'Hôpital-du-Grosbois (13 km).

Le village de Lods est desservi plusieurs fois par jour par la ligne d’autocars reliant Besançon à Pontarlier par la vallée de la Loue.